ศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๗ ขอนแก่น เป็นหน่วยงานสังกัดกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ก่อตั้งขึ้นตามแผนพัฒนาสาธารณสุขแห่งชาติฉบับที่ ๔  โดยการริเริ่มของ นายแพทย์วิมล โนตานนท์ อธิบดีกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ และเภสัชกรหญิงปรียา เกษมสันต์ ณ อยุธยา ผู้อำนวยการกองวิเคราะห์ยาในขณะนั้น ได้มีการจัดตั้งห้องปฏิบัติการวิเคราะห์ยา อาหารและพิษวิทยา ในรูปแบบของศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์เขต ขึ้นตามภาคต่าง ๆ โดยในปี พ.. ๒๕๒๒ มีแผนการจัดตั้งศูนย์ฯขึ้นในภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบนที่จังหวัดขอนแก่น เป็นแห่งที่ ๔ เพิ่มเติมจากศูนย์ฯที่มีอยู่แล้ว ๓ แห่ง ที่จังหวัดนครราชสีมา สงขลา และพิษณุโลก   โดยการดัดแปลงสำนักงานเดิมชั้นล่างของตึกสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดขอนแก่น ถนนศรีจันทร์ อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่นเป็นห้องปฏิบัติการทางเคมี และจุลชีววิทยา   การปฏิบัติงานด้านวิเคราะห์อาหาร และยาทางเคมี ได้เริ่มในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๒๔  สำหรับงานวิเคราะห์น้ำ และอาหารทางจุลชีววิทยา ได้เริ่มดำเนินการในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๖ เพื่อสนับสนุนการสำรวจคุณภาพแหล่งน้ำในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของโครงการร่วมไทย-ออสเตรเลีย นักวิเคราะห์ซึ่งปฏิบัติงานในระยะแรกนี้เป็นเจ้าหน้าที่จากกองวิเคราะห์อาหาร และกองวิเคราะห์ยาในส่วนกลางทั้งสิ้น

 

 ต่อมาในปี พ.. ๒๕๒๖ มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ ของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์โดยมีศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ ๔ (ขอนแก่น) ซึ่งเป็นหน่วยงานที่มีฐานะเทียบเท่ากองและรับผิดชอบงานในระดับเขตรวมอยู่ด้วยจำนวนอัตราตามที่ได้อนุมัติจาก ก.. มี ๒๖ อัตรา  แบ่งส่วนราชการเป็น ๔ ฝ่าย ๑ งาน ได้แก่ ฝ่ายวิเคราะห์อาหาร ฝ่ายวิเคราะห์ยา ฝ่ายพิษวิทยา ฝ่ายพยาธิวิทยาคลินิค และงานธุรการ สำหรับเขตรับผิดชอบคือ ๑๐ จังหวัดในภาคอีสานตอนบน ได้แก่ ขอนแก่น อุดรธานี เลย หนองคาย มหาสารคาม ร้อยเอ็ด กาฬสินธุ์ สกลนคร นครพนม และมุกดาหาร การดำเนินงานระยะแรก ในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๒๗ นั้น ได้โอนข้าราชการและลูกจ้างประจำจากกองวิเคราะห์ยา กองวิเคราะห์อาหาร รวมทั้งเจ้าหน้าที่ด้านพยาธิวิทยาคลินิคจากศูนย์ชันสูตรสาธารณสุข ซึ่งปฏิบัติงานที่โรงพยาบาลขอนแก่น ไปบรรจุและแต่งตั้งในอัตราที่ ก.. กำหนดให้สำหรับศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ ๔  (ขอนแก่น) อัตรากำลังในเดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ คือ ข้าราชการ ๑๐ และลูกจ้าง ๙ คน มี ดร. นวลตา ม่วงน้อยเจริญ เป็นผู้อำนวยการศูนย์ฯ คนแรก และเริ่มเปิดบริการของฝ่ายพิษวิทยาในเดือนมีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๙

เนื่องจากสถานที่ปฏิบัติงานคับแคบมาก งานฝ่ายพยาธิวิทยาคลินิคจึงต้องปฏิบัติงานอยู่ที่โรงพยาบาลขอนแก่นต่อไปอีก นอกจากนี้งานทางด้านวิเคราะห์อาหาร ยา และพิษวิทยา เพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ ทำให้ต้องหาสถานที่สำหรับปฏิบัติงานแห่งใหม่ที่กว้างขวางมากกว่าเดิม โดยได้ขอใช้ที่ดินราชพัสดุจำนวน ๑ ไร่ ๗๗ ตารางวา ที่ถนนหน้าศูนย์ราชการ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น เพื่อสร้างอาคารสำนักงานแห่งใหม่  การก่อสร้างอาคารสำนักงานได้รับอนุมัติงบประมาณผูกพัน ๒ ปี (พ.ศ. ๒๔๓๐ ๒๕๓๑) รวม ๙,๔๓๐,๘๐๐ บาท และค่าถมดินทำรั้วอีกประมาณ ๑๒๔,๐๐๐ บาท การก่อสร้างเริ่มในเดือนสิงหาคม ๒๕๓๐ และเสร็จในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๒ ตัวอาคาร เป็นแบบมาตรฐานของศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ๒ ชั้น กว้าง ๑๕ เมตร ยาว ๕๑ เมตร มีพื้นที่ใช้งาน ๑,๔๕๓.๕๒ ตารางเมตร การปฏิบัติงานที่อาคารสำนักงานใหม่ เลขที่ ๔๐๐/๒ ถนนหน้าศูนย์ราชการตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่นเริ่มในวันที่ ๒๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๒ หลังจากการก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์แล้วโดยมีงานต่าง ๆ ครบทุกฝ่ายสามารถให้บริการทั้งด้านวิเคราะห์อาหาร วิเคราะห์ยา พิษวิทยา พยาธิวิทยาคลินิคและงานตรวจสอบคุณภาพและความปลอดภัยด้านรังสีตลอดจนงานวิจัยปัญหาต่าง ๆ ในด้านที่เกี่ยวข้อง  และได้ทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ ๒๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๓ โดยมีนายแพทย์ประสงค์ บูรณ์พงศ์  รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุขในขณะนั้นเป็นประธาน

ต่อมามีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ ของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ปี พ.. ๒๕๓๖เปลี่ยนชื่อเป็นศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ ขอนแก่น และในปี พ.ศ. ๒๕๕๓ ได้มีคำสั่งกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๑๓๖/๒๕๕๓ เรื่องการปรับเปลี่ยนชื่อศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์และเขตรับผิดชอบ เปลี่ยนชื่อเป็นศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๖

ในปี พ.ศ. ๒๕๕๖ มีคำสั่งกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ ที่ ๑๗๗/๒๕๕๖ ลงวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๕๖ เรื่องกำหนดเขตพื้นที่รับผิดชอบของศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ ตามที่กระทรวงสาธารณสุข ได้กำหนดเขตพื้นที่เครือข่ายบริการ จำนวน ๑๒ เครือข่ายบริการ เพื่อให้การปฏิบัติราชการของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์เป็นไปด้วยความคล่องตัวและมีประสิทธิภาพ กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ จึงกำหนดเขตพื้นที่รับผิดชอบของศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์  โดยกำหนดให้ใช้ชื่อหน่วยงานตามเขตพื้นที่เครือข่ายบริการเป็น ศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๗ ขอนแก่น รับผิดชอบเครือข่ายบริการที่ ๗  ได้แก่ จังหวัดขอนแก่น กาฬสินธุ์  มหาสารคาม และร้อยเอ็ด

ในปี พ.ศ. ๒๕๕๙ ระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วนการจัดตั้งเขตสุขภาพเพื่อประชาชนได้กำหนดเขตสุขภาพ จำนวน ๑๓ เขต กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์จึงได้มีคำสั่งที่ ๒๓๑/๒๕๖๐ ลงวันที่ ๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๖๐ เรื่อง กำหนดเขตพื้นที่รับผิดชอบของศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ ซึ่งกำหนดให้ศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๗ ขอนแก่น รับผิดชอบพื้นที่ในเขตสุขภาพที่ ๗ ได้แก่ จังหวัดขอนแก่น กาฬสินธุ์ มหาสารคาม และร้อยเอ็ด

เนื่องจากมีการขยายขอบเขตภารกิจ และต้องใช้เครื่องมือที่มีเทคโนโลยีขั้นสูง ทำให้สถานที่ปฏิบัติงานเดิมไม่เพียงพอ  กอปรกับพื้นที่เดิมไม่มีที่เพียงพอสำหรับก่อสร้างหรือต่อเติมอาคาร จึงจำเป็นต้องย้ายที่ทำการมาสร้างในที่ดินแห่งใหม่  เนื้อที่ ๒๐ ไร่ ๒๖.๒ ตารางวา เลขที่ ๓๙๔ หมู่ ๑๙ ถนนสีหราชเดโชไชย ตำบลศิลา อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น โดยได้รับงบประมาณผูกพัน ๓ ปี (พ.ศ.๒๕๕๖ ๒๕๕๘) วงเงินงบประมาณ  ๗๕,๐๐๐,๐๐๐ บาท เป็นแบบอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ๓ ชั้น มีพื้นที่ใช้งาน ๔,๓๑๗ ตารางเมตร เริ่มก่อสร้างเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๕๖ แล้วเสร็จ พ.ศ. ๒๕๕๘ และก่อสร้างสิ่งก่อสร้างเพิ่มเติมอื่น ๆ แล้วเสร็จ พ.ศ. ๒๕๕๙ ศูนย์ฯ ได้ทำพิธีพราหมณ์เพื่อขึ้นสำนักงานแห่งใหม่และมีเจ้าหน้าที่เข้าปฏิบัติงานในวันที่ ๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๘ และวันที่ ๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๙ ได้ทำพิธีเปิดอาคารอำนวยการศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ ๗ ขอนแก่น  ณ ที่ทำการสำนักงานแห่งใหม่

ต่อมาในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2561 ห้องปฏิบัติที่ยังตั้งอยู่ ณ อาคารแห่งเดิม ได้ย้ายมาติดตั้ง ณ อาคารที่ทำการแห่งใหม่ทั้งหมดเรียบร้อยแล้วเพื่อให้การบริหารจัดการทรัพยากรเกิดประโยชน์สูงสุด